新纪元初中部的学生，在完成初中三年国家课程的基础上，在初三年级可以自由选择走国内教育之路，参加上海中考，报考上海市高中；也可以选择走国际教育之路，直升本校国际部，考国外的大学。
新纪元双语的办学特色是“体育第一、艺术气质、工程教育和双语教学”。初中部突出了外语课程群、体育课程群、艺术课程群和STEAM课程群的地位。同时，学校专设有国学教学部，设计了小学、初中、高中一体化的国学课程体系。学校课程中心专门针对青春期学生开发了“心灵滋养系列课程”。针对青春期学生渴望展示自我、表达自我的特点，初中部设计多样活动和赛事，激发课程活力，提升学生自信。每个学期都有国学服饰周、语文周、趣味数学周、英语十大活动、科技节、艺术节、“四校”评选、校本课程展示等活动等。
